他種との混泳以上に飼育者を悩ませるのが、「金魚同士の混泳トラブル」です。同じ金魚という種（フナの変異種）であっても、数百年にわたる品種改良の歴史によって、遊泳能力や体型に絶望的な格差が生み出されているためです。
代表的な失敗例が、金魚同士の混泳相性（和金と琉金）における力関係の崩壊です。フナの原種に近い体型を持つ和金（ワキン）、コメット、朱文金（シュブンキン）は、流線型の筋肉質な肉体を持ち、圧倒的なスピードで水槽内を疾走します。一方、琉金（リュウキン）、出目金、オランダ獅子頭、そして丸っこいピンポンパールなどは、内臓が詰まった球体に近い体型をしており、ひらひらと優雅に泳ぐことしかできません。
この2系統を同居させると、給餌の際に和金型が猛スピードで水面の餌を独占し、琉金型は餌にありつけず徐々に飢餓状態へ追い込まれます。さらに、発情期を迎えた春先には、遊泳力の高い和金型の雄が、動きの鈍い琉金型の雌を水槽の角へ執拗に追い詰め、激突や体表の突き上げによってウロコを剥がし、衰弱死に至らしめる悲劇が後を絶ちません。
こうした金魚の共食いを防ぐ飼育方法として徹底すべきは、「体型グループの統一」と「体長格差2cm以内の維持」です。同一グループ（和金型同士、あるいは琉金型同士）で揃え、個体間のサイズ差を極小化することが平穏な混泳の前提条件となります。
あわせて、金魚混泳水温と水質の詳細まとめとして押さえておくべき環境基準は以下の数値です。
- 適正水温：18℃〜25℃（混泳生体との共通最適域。急激な日内変動は±2℃以内に抑制）
- 適正水質（pH）：pH6.8〜7.8（弱酸性から弱アルカリ性の中性付近を安定維持）
- ろ過容量の強化：金魚は他魚種の約3倍の排泄物（アンモニア）を排出するため、水槽規格の1〜2ランク上の上部式フィルターや外部式フィルターの選定が必須
