歴史ファンならずとも立ち寄りたいのが、苑内西側に位置する蛤御門（はまぐりごもん）です。正式名称は「新在家御門」ですが、普段は閉じられていた門が江戸時代の大火の際に初めて開かれたことから、「焼けて口を開く蛤」に例えて蛤御門と呼ばれるようになりました。
元治元年（1864年）に起きた「禁門の変（蛤御門の変）」では、長州藩と会津・薩摩藩を中心とする幕府軍が激突。門の梁や門柱には、当時の鉄砲や大砲による生々しい弾痕が現在もそのまま残されています。
蛤御門周辺をはじめ、西郷隆盛と勝海舟が会談した「薩摩藩邸跡」や、幕末の志士たちが駆け抜けた公家屋敷跡の石碑など、苑内には幕末維新の息吹を体感できる史跡が随所に点在しています。
