行政の処分やネットの悪評を受けて「水素そのものが詐欺」と捉えられがちですが、分子状水素のバイオロジー自体は国際的な学術研究の対象として活発に議論されています。発端となったのは、2007年に世界的権威のある学術誌『Nature Medicine』に掲載された日本医科大学の研究チームによる論文です。この研究では、水素分子が生体内で極めて毒性の高いヒドロキシルラジカル（悪玉活性酸素）を選択的に中和・除去することが報告され、世界中に衝撃を与えました。
ただし、研究室の培養細胞や実験動物を対象とした基礎実験の結果と、生きた人間が市販の水素水を飲んだ際の人体への影響の間には大きなギャップが存在します。最新の学術論文やメタアナリシス（複数の研究結果を統合解析した報告）を精査しても、「市販濃度の水素水を少量飲むことで、特定の疾患を治療・予防できる」と断定できる大規模かつ二重盲検の臨床試験データは極めて限定的です。学術的なポテンシャルは認められつつも、一般消費者が期待するような即効性や特効薬的な効能を裏付けるエビデンスは現時点で確立されていません。
