1日の上限を守っていたとしても、「エナジードリンクを毎日飲む習慣」が長期間続くと、内臓への負担は確実に蓄積していきます。もっとも顕著な影響を受けるのが肝臓と腎臓です。
体内に入ったカフェインや各種添加物、高濃度のビタミンB群はすべて肝臓で分解・代謝されます。連日の過剰摂取は肝機能を疲弊させ、薬物性肝障害や肝数値（AST/ALT）の上昇を招くリスクが指摘されています。また、カフェインの利尿作用によって慢性的な水分不足が生じると、濃縮された老廃物をろ過し続ける腎臓に大きな負荷がかかり、将来的な腎機能低下や尿路結石のリスクを高める要因となります。
さらに深刻なのが糖分の過剰摂取です。標準的な355mlのエナジードリンク1缶には、角砂糖約9〜11個分（約35〜40g）に相当する大量の果糖ぶどう糖液糖が含まれています。毎日飲み続ける生活は、カロリー過多による肥満だけでなく、インスリン抵抗性を悪化させ、若年層であっても「ペットボトル症候群（急性糖尿病性ケトアシドーシス）」や2型糖尿病を発症させる引き金となります。
人工甘味料を使用したシュガーフリータイプであっても安心はできません。強い甘味刺激が味覚を鈍らせ、腸内環境を乱す可能性や、甘味への心理的依存を強める側面が近年の研究で明らかになっています。
