新屋山神社を語る上で欠かせないのが、「本宮（ほんぐう）」と「奥宮（おくみや）」の存在です。両社は同じ神社の境内地でありながら、鎮座する場所の環境や雰囲気が大きく異なります。
本宮は富士吉田市の新屋地区に位置し、通年で参拝が可能です。落ち着いた杉木立に囲まれた境内には夫婦木や稲荷社があり、手入れの行き届いた授与所や社務所が整っています。受付時間は概ね午前9時から午後4時頃までとなっており、電車や路線バスを利用したアクセスも容易です。
対して奥宮は、富士山二合目の標高約1,700メートル、原生林が生い茂る滝沢林道沿いに鎮座しています。かつて林業従事者や富士講信者が祈りを捧げた聖域であり、人工物がほとんどない深い森の中に佇むその景観は、張り詰めた霊気を放っています。古くから「本宮でお参りしたのちに奥宮へ登拝することで、真の金運エネルギーが完結する」と言い伝えられてきました。
奥宮の社務所が開いている期間は限られており、参拝可能時間は午前10時頃から午後3時30分頃までです。標高が高いため日没前の下山が鉄則となります。奥宮の授与所でも金運カード守りや奥宮専用の御朱印が頒布されていますが、現地へ向かうルートは道幅の狭い林道であり、冬季（例年12月〜翌年4月下旬頃）は林道のゲートが完全閉鎖されるため登拝できません。訪問計画を立てる際は季節の道路状況を必ず確認してください。
