長寿シリーズゆえに、人気キャラクターの降板や突然のキャスト交代劇の裏には、様々な制作秘話やスケジュールの事情が存在しました。
代表的な事例が、三田村邦彦さん演じる秀の一時降板です。秀の人気が沸騰した結果、三田村さんは他局の連続ドラマや映画からのオファーが殺到し、多忙を極めました。制作陣は秀を旅に出す形で一時離脱させ、のちにスピンオフ作品や続編で幾度も復帰させるという柔軟な対応を取りました。
また、三味線屋の勇次を演じた中条きよしさんの降板についても、歌手活動の多忙化や自身が主演を務めるスピンオフ作品『必殺仕切人』への移行など、ステップアップに伴う円満な離脱でした。後年、勇次は単独の劇場版や舞台でも主役を張るほどのアイコンへと成長しました。
一方、平成版において仕立て屋の匳を演じた田中聖さんは、所属事務所の専属契約解除に伴いシリーズを降板。ドラマ内では明確な死亡描写を入れず、裏稼業から足を洗って江戸を去ったという設定で物語上の整合性が保たれました。こうした予期せぬキャスト変更に対しても、脚本陣の巧みなストーリーテリングによって世界観を維持し続けた点も必殺シリーズの強みです。
