三ヶ根山スカイラインを訪れる際、ドライバーやライダーが最も陥りやすい落とし穴がいくつか存在します。ネット上の古いブログ記事や断片的な口コミを鵜呑みにすると、思わぬ旅のトラブルに直面します。
代表的な誤解が三ヶ根山スカイラインバイク二輪通行のルールです。近年流行している125cc以下の原付二種（スーパーカブや小型スクーターなど）でのソロツーリング愛好家が現地を訪れ、料金所の看板を見て進入を断念するトラブルが後を絶ちません。本路線は道路法上の自動車専用道路に準じた指定がなされており、原動機付自転車（50cc以下）および小型自動二輪車（51〜125cc）は終日通行禁止となっています。通行できるのは250ccや400cc、大型二輪などの「125ccを超える自動二輪車」に限られます。
また、過去に暴走行為やローリング族対策として実施されていた二輪車の夜間通行禁止規制が、スカイライン全体の夜間完全閉鎖（20:00〜翌朝8:00）へと統合された点も把握しておく必要があります。夜景ツーリングを計画する場合、19時台前半には山頂展望台に到着し、19時45分には料金所を通過するタイトな時間管理が求められます。
さらに決済手段の盲点も見逃せません。高速道路のようなETC決済は非対応であり、料金所での支払いは現金（または一部利用可能な回数券・特定キャッシュレス決済等の現地告知に準拠）となります。小銭の用意がないままETCレーン感覚で料金所へ進入すると後続車の渋滞を引き起こす原因となるため、事前の小銭準備が不可欠です。
