自衛隊の組織と指揮権を理解するうえで外せないのが、文民統制（シビリアンコントロール）の理念です。これは、軍事組織に対して非軍人である政治指導者が絶対的な優位と統制力を持つ政治原則を指します。
かつて軍部が暴走し、政治の意向を無視して戦線を拡大させた歴史への反省から、戦後の防衛体制には何重もの防護策が組み込まれました。具体的には以下の多層構造によって担保されています。
第一に、内閣総理大臣および防衛大臣を含むすべての閣僚が文民であること。第二に、防衛出動や重要作戦の決定に際して国会の関与と承認が必要であること。第三に、防衛省内において制服組（自衛官）と背広組（文官・事務官）が相互にチェック機能を果たしながら政策立案を行うことです。軍事の専門的知識を尊重しつつも、武力の行使に関する最終判断は常に国民の代表である政治家が下す構造が徹底されています。
