インターメディアテクの最大の見どころは、吹き抜けの展示ホール「マングローブ」に鎮座する巨大な骨格標本群です。見上げた瞬間に視界を圧倒するミンククジラやアカボウクジラをはじめ、キリン、オオツノジカ、さらには絶滅した巨大鳥類エピオルニスの骨格など、生命の進化のダイナミズムを肌で体感できます。
展示空間の魅力は標本そのものだけではありません。東京大学でかつて実際に講義や研究で使われていた明治・大正・昭和初期の木製標本棚や実験器具、階段教室の座席などが展示什器として再活用されています。「レトロ・フューチャー」とも称される独自のデザイン設計により、展示ケース自体が芸術品のような存在感を放ちます。
鳥類の精密な剥製コレクション、美しい結晶を見せる鉱物標本、解剖模型、そして古代エジプトの遺物や民俗資料まで、ジャンルを超えた学問の結晶が整然と並ぶ様は、まさに現代の「驚異の部屋（ヴンダーカンマー）」と呼ぶにふさわしい空間です。
