軍艦島クルーズにおいて、予約を確保することと同じくらい重要なのが「実際に島へ上陸できるかどうか」という気象条件の見極めです。軍艦島は外洋に面しており、長崎市が定める厳しい安全基準（波高0.5m超、風速5m超などで上陸禁止）をクリアしなければ接岸できません。
年間の気象データと運航実績を分析すると、軍艦島への上陸率が高いベストシーズンは「春（4月〜5月）」と「秋（10月〜11月）」です。この時期は天候と海況が比較的安定しており、月間上陸率が70%〜80%以上に達することもあります。過ごしやすい気候も相まって、観光には最も適したタイミングといえます。
一方で、夏（7月〜8月）は台風の接近や太平洋高気圧の縁を回るうねりによって、晴れていても上陸中止となるリスクが潜んでいます。また、冬（12月〜2月）は北西の季節風が強く吹き荒れ、海がシケやすいため上陸率が50%〜60%前後まで落ち込む傾向があります。予約日を設定する際は、旅行日程に余裕を持たせ、天候の安定しやすい時期を優先することが上陸成功の鍵を握ります。
