外見のトゲ以外で、専門家が最も重視する見分けのポイントが「歯の構造」です。口元を観察すると、両者の間には明確な骨格の違いが確認できます。
フグ科の魚は、上下の顎にそれぞれ2枚ずつ、合計4枚の硬い歯が並んでいます。学名である「Tetraodontidae（テトラオドン）」も「4つの歯」を意味する言葉に由来しています。これに対してハリセンボン科は、上下の顎の歯が完全に一体化し、上下に1枚ずつ（合計2枚）の強固なくちばし状の歯板を形成しています。
この頑丈な一体型の歯と強靭な顎の力により、ハリセンボンは硬い殻を持つカニやエビなどの甲殻類、ウニ、貝類をバリバリと容易に噛み砕いて捕食します。
