家庭菜園愛好家を最も悩ませるのが、トマト、ナス、ピーマン、ジャガイモなどを同じ場所に植え続けることで発生するナス科の連作障害です。土壌中の特定微生物や微量要素が偏り、青枯病、半身萎凋病、立ち枯れ病が多発する原因となります。
この連作障害を軽減するためには、植え付け時のコンパニオンプランツ導入が極めて効果的です。ナス科の苗を植え付ける際、植え穴にニラや長ネギの根を絡ませて同時に植え付ける「共植え法」を取り入れます。ネギの根に生息する拮抗微生物がバリアを張り、土壌病原菌の侵入を物理的・生物学的に遮断します。
前作や後作として、根粒菌を豊富に宿すマメ科植物（ヘアリーベッチや落花生）を輪作体系に組み込むことで、疲弊した土壌の地力を自然回復させ、連作による生育不良を大幅に抑制できます。
