家族として迎えるにあたり、絶対に目を背けてはならないのが遺伝的リスクの管理だ。ペットケア・ブリーディング産業における遺伝子解析技術が飛躍した現在、事前に回避できるリスクと適切な血統管理の重要性がかつてないほど叫ばれている。
オーストラリアン・シェパードで特に警戒すべきは、特定の薬剤に対して重篤な神経毒性を引き起こす「MDR1（多剤耐性遺伝子）変異」と、失明リスクを伴うコリー眼異常（CEA）、進行性網膜萎縮症（PRA）である。さらに、魅惑的な大理石模様を生み出す「マール遺伝子」同士を掛け合わせたダブルマール交配は、先天的な聴覚障害や小眼球症といった重い障害を高確率で引き起こすため、倫理的なブリーディングでは厳格に排除されなければならない。
アメリカンケネルクラブ (AKC)やJKCに登録されている信頼できるシリアスブリーダーは、親犬のDNAスクリーニング結果や股関節形成不全（HD）の検査証明書を包み隠さず開示する。安易な生体販売ルートに飛びつくのではなく、健康な血統を次世代に繋ごうとする専門家から直接譲り受ける姿勢が、将来の医療費負担や愛犬の苦痛を防ぐ唯一の防波堤となる。
