本田家の家族構成は、本田圭佑、妻・美佐子さん、そして3人の子どもたちの5人家族です。
2012年秋に長男が誕生し、2014年には長女が誕生。その後、2016年頃には次男を家族として迎え入れたことを本人が公表しています。子どもたちの画像や詳細なプロフィールも妻と同様に非公表ですが、本田圭佑が展開するグローバルな教育事業やサッカーアカデミーの根底には、自身の育児経験や家族に対する深い愛情が反映されています。
海外生活が長い本田家では、多言語環境や異文化理解を重視した国際的な教育環境が整えられていると見られ、子どもたちも父親の背中を見ながらグローバルな視点を養っています。