厚生労働省「賃金構造基本統計調査」や各種転職メディアの最新集計によると、医療事務として働く正社員の平均年収は約310万〜345万円（平均年齢37〜39歳）で推移しています。国税庁の民間給与実態統計調査が示す日本の給与所得者の全体平均（約460万円）と比較すると、およそ110万〜150万円ほど下回る水準です。
月給ベースで見ると、正社員の月額給与は20万〜24万円前後が相場です。ここから健康保険料、厚生年金、雇用保険、所得税、住民税などが控除されるため、毎月の手取り額は15万〜18万円程度にとどまります。一人暮らしで家賃や光熱費を支払うと手元に残る金額はわずかであり、「実家暮らしでなければ生活が成り立たない」という声が現場から頻繁に上がるのも無理はありません。
医療事務の正社員ボーナス（賞与）は、年間で基本給の2.0〜3.0ヶ月分（年間40万〜70万円程度）が支給されるケースが標準的です。ただし、個人経営のクリニックでは賞与が「基本給1ヶ月分未満」あるいは「一律10万円程度の寸志」という施設も珍しくなく、勤務先の経営規模によって年収に数十万円単位の差が生まれています。
年代別の推移を見ても、昇給カーブの緩やかさが際立ちます。20代の医療事務の給料は月給18万〜21万円、年収にして260万〜300万円（手取り月額14万〜16万円）からのスタートが一般的です。30代で年収310万〜350万円、40代・50代のベテラン層でも役職に就かなければ年収360万〜390万円前後で頭打ちになるケースが多く、年齢を重ねても自然に給料が跳ね上がる構造にはなっていません。
