函館ターミナルは4階建ての近代的な構造で、出航前の待ち時間を有意義に過ごすための設備が凝縮されています。
2階のターミナル内レストラン食堂「ハーバーキッチン」では、函館名物のイカ刺し定食や塩ラーメン、ジンギスカン丼など、北海道ならではの味覚を提供しています。ガラス張りのオーシャンビュー席からは、停泊中の大型フェリー「ブルールミナス」や「ブルーハピネス」を間近に眺めながら食事が楽しめます。
売店「SEA-GULL(シーガル)」では、函館ターミナル売店お土産として定番の「白い恋人」や「スナッフルズのチーズオムレット」はもちろん、津軽海峡フェリーオリジナルグッズや青森・大間の特産品も一堂にラインナップされています。乗船後の船内で楽しむ地ビールやおつまみの調達にも重宝します。
また、深夜便乗船方法と待合所機能も見逃せません。ターミナルは24時間開放されており、深夜・早朝便の利用者向けに無料Wi-Fi完備のソファー席や充電スポットが整っています。さらに、2階には清潔なシャワールーム利用案内が掲示されており、10分300円前後のコイン式温水シャワーが24時間利用可能です。長距離ドライブ直後の汗を流し、リフレッシュした状態で乗船できる環境はドライバーからも高く評価されています。