日本の私立医学部における最高峰として語り継がれる「御三家」は、慶應義塾大学医学部、東京慈恵会医科大学、日本医科大学の3校で構成されています。受験難易度の序列においては、研究力とブランド力を誇る慶應が頭一つ抜けたトップに位置するものの、臨床医の育成力と現場の評判において慈恵医大は慶應に匹敵する評価を確立しています。
大手予備校の最新偏差値データにおいて、東京慈恵会医科大学の偏差値は70.0前後(河合塾基準)を推移しており、国公立大学医学部の旧帝国大学(東北大、名大、阪大など)や東京医科歯科大学(現・東京科学大学)の併願先として選ばれるケースが一般的です。日本医科大学が基礎研究や救急医療に強みを持つ一方、慈恵医大は「臨床の慈恵」と称される通り、ベッドサイドでの実践教育に重きを置く明確な棲み分けが存在します。
慶應との比較では、研究費規模や政財界への影響力では慶應に譲る部分があるものの、臨床現場での教育密度や卒業生同士のフラットな結びつきにおいては慈恵医大を第一志望に据える受験生が後を絶ちません。日本医科大学との関係でも、学費の改定や施設のリニューアルなどを経て、両校が切磋琢磨しながら私立医科大学全体の質を底上げしています。