資金面においても、ピースワンコ・ジャパンは異例の存在感を放ってきた。母体である特定非営利活動法人ピースウィンズ・ジャパンの代表・大西健丞氏の手腕により、ふるさと納税寄付金を活用した大規模な資金調達に成功。年間数十億円規模の寄付が集まる一大組織へと成長した。
しかし、集まった巨額の資金がどのように配分されているのかについては、絶えず疑問の目が向けられてきた。人件費や広報費、さらには国際支援事業など他部門への資金移動に対する不透明さが指摘され、「寄付金が現場の犬たちに十分に還元されていないのではないか」という不信感を生む要因となった。資金の透明性確保は、今なお同団体に課された大きな課題と言える。
