学会関連のシンボルとして、三色旗と並び頻繁に目にするのが「蓮の花」を模した幾何学的な紋章です。これは「八葉蓮華（はちようれんげ）マーク」と呼ばれ、三色旗が登場する遥か前からの正式なシンボルマークとして位置づけられています。
日蓮仏教において「蓮華（蓮の花）」は、泥水の中から清らかな大輪を咲かせることから、濁悪の世にあって清浄な仏の境涯を開く象徴とされます。外側に広がる8枚の花弁は東西南北とその間の八方を指し、教えが全世界へ広がる様相を表現しています。現在でも、学会本部の公式行事や宗教儀式、仏壇仏具、公式文書などでは三色旗ではなく八葉蓮華マークが「正式な最高紋章」として厳格に用いられています。
一方、日刊機関紙である『聖教新聞』の題字周辺やロゴマークにも独自の工夫が見られます。題字の背景や企業CI（コーポレート・アイデンティティ）として三色旗の3カラーが大胆にレイアウトされ、視覚的なメディアブランドの統一が図られています。教義の根本を示す「伝統の八葉蓮華」と、大衆的・社会的な広がりを示す「三色のカラーデザイン」は、用途に応じて巧みに使い分けられています。
