選ばれ方のシステムにも明確な違いが存在する。総裁を決めるのは、党員や所属国会議員による「自由民主党総裁選挙」だ。ここでは党内の派閥抗争や政策協定、全国の党員の動向が勝敗を分ける。石破茂氏が激闘を制した選挙戦や、岸田文雄氏が主導した党改革の波を思い起こせば、その熱量の凄まじさが解るだろう。
一方、首相は自民党だけで決められるわけではない。憲法に基づき、衆参両院の国会議員による内閣総理大臣指名選挙を経て決定する。与党の総裁がそのまま選出されるケースが通例となっているが、仕組みとしては「党のトップ決め」と「国のトップ決め」という二段階の手続きを踏んでいる。