事件の発端は、京都府内の閑静な住宅街に住む小学生の児童が「下校途中に姿を消した」として家族から警察へ捜索願が出されたことでした。当初は不審者による連れ去りや通学路での事故が疑われ、京都府警は専従捜査班を設置して延べ数百人態勢でのローラー作戦を展開しました。
通学路周辺の防犯カメラ映像の解析や地域住民からの目撃情報の収集が進められる中、捜査線上に浮上したのは外部の不審者ではなく、通報者でもあった父親の不自然な言動でした。児童が最後に確認された時間帯と、父親が主張するタイムラインに決定的な矛盾が生じたことで、捜査当局は父親への事情聴取へと大きく舵を切ることとなりました。