新快速の運行エリアは、福井県の敦賀駅から兵庫県の播州赤穂駅・上郡駅まで、総延長約250kmを超える広大なネットワークを形成しています。走行線区によって停車パターンが大きく変化するため、まずは主要ルートごとの停車駅を整理します。
敦賀から米原を経由して京都・大阪方面へ向かう「琵琶湖線ルート」、琵琶湖西岸をショートカットする「湖西線ルート」、そして大阪から神戸・姫路・播州赤穂方面へ抜けるメイン動脈において、停車駅の設定は極めて合理的です。
1. 北陸本線・琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線（メインルート）
滋賀県東部から阪神間、播磨エリアを一直線に結ぶ主軸区間です。
- 北陸本線・琵琶湖線区間：敦賀駅〜（各駅停車）〜米原駅、彦根駅、能登川駅、近江八幡駅、野洲駅、守山駅、草津駅、南草津駅、石山駅、大津駅、山科駅、京都駅
- JR京都線区間：京都駅、高槻駅、新大阪駅、大阪駅
- JR神戸線区間：大阪駅、尼崎駅、芦屋駅、三ノ宮駅、神戸駅、明石駅、西明石駅、加古川駅、姫路駅
- 山陽本線・赤穂線区間（姫路以西）：姫路駅〜（各駅停車）〜相生駅、上郡駅／西相生駅、坂越駅、播州赤穂駅
2. 湖西線ルート（敦賀〜京都）
福井・湖西エリアから京都・大阪方面へ直通するルートです。近江今津駅を境に運行形態が変わります。
- 湖西線区間：敦賀駅〜（各駅停車）〜近江舞子駅、堅田駅、比叡山坂本駅、大津京駅、山科駅、京都駅
※近江舞子駅から敦賀方面は各駅に停車し、大津京〜近江舞子間では主要駅のみをセレクトして停車します。
