大高酵素は医薬品ではなく食品であるため、基本的に重篤な大高酵素の副作用の心配はありません。ただし、ファスティング開始時や飲み始めの数日間に、身体の一時的な反応が生じる場合があります。
代表的な現象が、いわゆる好転反応（調整反応）と呼ばれる体調変化です。体内の代謝環境が切り替わる過程で、一時的な頭痛、眠気、だるさ、便通の変化（軟便や便秘）が現れることがあります。これらは通常1〜2日で治まりますが、水分を多めに摂り、無理をせず休息を取ることが肝要です。
なお、糖尿病などで血糖値コントロールを行っている方や妊娠中・授乳中の方は、自己判断で極端な断食を行わず、かかりつけの医師に相談の上で取り入れるようにしてください。
