事態を重く見た東京都目黒区保健所は、週明け直後から店舗への立ち入り検査を実施。同時に厚生労働省は、食品衛生法に基づくリコール情報サイトにおいて、本件を最も危険度が高い「CLASS 1（クラス1）」リコールに分類しました。
CLASS 1とは、「その食品を摂取することにより、重篤な健康被害または死亡の原因となり得るもの」に対して発令される行政区分です。当時、自主回収の対象となったマフィンは9種・約3,000個に上り、全国の自治体や医療機関に対しても注意喚起が行われました。
保健所の調査では、製造施設における衛生管理基準の不履行や、食品の温度管理に関する重大な過失が認められました。行政処分および業務改善命令が視野に入る中、店舗側は営業継続が不可能な状態に追い込まれました。
