ピースワンコ・ジャパンの歴史を語る上で避けて通れないのが、法的なトラブルだ。狂犬病予防法違反の容疑や、動物愛護法違反での書類送検など、公的な機関からのメスが入った事実は重い。愛護団体でありながら、法律を軽視していたかのような報道は、彼らのブランドイメージを致命的に傷つけた。
元スタッフや内部告発者からの証言としてメディアに流出した「シェルター内の凄惨な様子」は、多くの動物愛好家を絶望させた。病気の犬が放置されている、適切な医療措置が受けられていないといった告発は、裁判や行政指導という形で現実味を帯び、単なるネットのデマではないという認識を世間に定着させることになった。