下部組織時代から一貫してバイエルン一筋を貫くミュラーは、クラブの歴史そのものを塗り替えてきました。伝説的GKゼップ・マイヤーが持っていたバイエルン公式戦通算最多出場記録（709試合）を塗り替え、現在もその記録を更新し続けています。
リーグ戦における最大の偉業が、ブンデスリーガ歴代最多アシスト記録の樹立です。データ集計が詳細化された近年の記録において、通算200アシストの大台を突破。1シーズンにおけるアシスト数でも21アシストというリーグ歴代最多記録を保持しており、ロベルト・レヴァンドフスキやハリー・ケインといった歴代のエースストライカーたちの得点力を最大限に引き出してきました。
バイエルンでの通算成績は240ゴール・260アシストを超えており、1クラブに対する貢献度という点において、リオネル・メッシ（元バルセロナ）らに匹敵する歴史的な数字を残しています。
