『善人シボウデス』で多くのプレイヤーが最初に直面する壁が、フローチャート上に現れる「ルートロック（鍵アイコン）」です。本作は1本のルートだけを進めても真相には辿り着けません。特定の場面で主人公・シグマが知らないはずのパスワードや情報を要求され、物語が強制中断する仕組みになっています。
ルートロックを解除する基本原則は至ってシンプルです。「別の時間軸（並行世界）へジャンプし、そこで明かされる暗証番号やキーワードを目撃した状態で、再びロック箇所へ戻る」こと。シグマ自身が作中で記憶を保持したまま意識を跳躍（ジャンプ）させているため、プレイヤーが他ルートで真相を目撃すれば、自動的または手動入力でロックが外れます。
序盤から中盤にかけて効率よく進めるには、1人のキャラクターに固執せず、ABゲームで「協力」と「裏切り」を交互に選びながら、フローチャートの分岐を均等に伸ばしていく進め方が適しています。特にシグマ、ディオ、天明寺、四葉の各ルートは、他ルートのロックを解除するための重要情報が多数含まれているため、早い段階でチェックしておくとスムーズです。
