進学先を決定する上で避けて通れないのが京都医健専門学校の学費に関する問題です。医療系・スポーツ系専門学校は高度な実習機材や臨床実習を伴うため、一般的な文系専門学校と比較して納入金額が高めに設定される傾向があります。
初年度の納入金は、学科によって異なるものの概ね140万〜180万円前後（入学金・授業料・施設設備費等）が目安となります。加えて、教科書代、実習着・白衣代、各種資格検定代などの諸費用が別途必要です。一見すると高額に感じられますが、同校では経済的負担を軽減するための各種制度が整備されています。
同校は国の「高等教育の修学支援新制度（授業料減免・給付型奨学金）」の対象機関に認定されているほか、滋慶学園独自の特待生試験制度や学費分納プランが用意されています。特待生制度を活用すれば、試験結果に応じて初年度授業料の一部が免除されるため、出願前に利用可能な支援策を綿密に確認しておくことが推奨されます。
