長崎市街地の中心部に位置する新庁舎は、公共交通機関でのアクセスが極めて良好です。長崎電気軌道（路面電車）を利用する場合、「市役所」電停の目の前に位置しており、下車後徒歩1〜2分で庁舎エントランスに到着します。長崎駅方面や蛍茶屋方面からのアクセスも直通でスムーズです。
車で来庁する方のために、地下には自走式の大型駐車場が完備されています。駐車場の料金体系と利用ルールは以下の通りです。
一般利用の場合、最初の30分は無料で以降30分ごとに所定の駐車料金（150円〜200円程度）が発生します。ただし、市役所の窓口で各種申請・相談手続きを行った来庁者は、利用窓口で駐車券の認証を受けることで一定時間（原則1時間〜手続きにかかった時間）の無料割引措置が適用されます。車を降りる際は、駐車券を車内に残さず必ず窓口フロアへ持参するよう注意してください。
