長年インターネット上で都市伝説として語られ続けているのが、いわゆる「津波の後の町は死後の世界（黄泉の国）だった」という説だ。大洪水に見舞われたはずの町で、住人たちが老人ホームの車椅子から解放され、笑顔で水上を移動しているシーンや、トンネルを抜ける際の異様な演出などがその根拠として挙げられてきた。
しかし、スタジオジブリ公式の資料やスタッフのインタビュー記事を紐解くと、この「全員死亡説」は作品の本質とは微妙に異なることが分かる。宮崎駿監督が意図したのは、物理的な死や絶望ではなく、一度世界がカオスに包まれ、浄化された後の「再生」と「生と死が地続きになった原始的な世界観」である。トンネルは異界との境目であり、ポニョが力を失って魚に戻りかける過酷な通過儀礼の場であった。都市伝説的な不気味さを感じる視聴者が多いのも無理はないが、それは監督が描いた古代生物が蠢く「生々しい生命力の恐怖」が過剰なまでに魅力的だったからに他ならない。
