縄文顔と弥生顔の最大の違いは、顔全体の立体感と骨格の構造にあります。南方系の狩猟採集民を基盤とする縄文人と、寒冷地適応を経て大陸から渡来した弥生人では、生存環境の違いがそのまま骨格やパーツの形状に反映されました。
縄文顔の骨格とパーツの特徴は、眉間から鼻根部にかけての彫りの深さと、頑丈なエラに代表されます。硬い木の実や獣肉を噛み砕く生活をしていたため、上下の前歯の先端がぴったり噛み合う「鉗子状咬合（かんしじょうこうごう）」が多く、顎が四角くしっかり発達していました。また、大きな二重まぶたや濃い体毛は、温暖湿潤な列島環境に適応した古モンゴロイドの特徴を受け継いでいます。
対して渡来系弥生人の特徴は、凹凸が少なく平坦な「のっぺり」とした骨格です。極寒のシベリアや乾燥地帯を経由してきた新モンゴロイドは、凍傷から眼球を守るためにまぶたの皮下脂肪を厚くし、蒙古襞（もうこひだ）を発達させました。さらに、稲作を中心とする農耕生活への移行により柔らかい穀物を主食とするようになったため、顎が細く面長になり、上の前歯が下の前歯に被さる「シザーズバイト（鋏状咬合）」が一般的になりました。
