大磯号を利用する際、旅行者や不慣れなビジネス客が最も戸惑うのが「ターミナルでの乗り場特定」です。特に神戸側の起点となる三宮周辺は複数の高速バスターミナルが分散しているため、誤った乗り場で待機してしまうトラブルが後を絶ちません。
神戸側のメインターミナルである大磯号三宮乗り場は、JR三ノ宮駅東口直結の商業施設「ミント神戸」1階にある「三宮バスターミナル（ミント神戸）」です。淡路島方面へ向かう高速バスは複数路線が存在しますが、大磯号は通常、バスターミナル内の指定番線（一般的に4番乗り場付近）から発着します。乗り場上部の案内LED表示板に「大磯号 東浦バスターミナル行」と明記されているかを必ず確認してください。
山陽新幹線との接続拠点である新神戸駅においては、1階の高速バスターミナルから発着します。改札口（2階）を出て案内看板に従い1階へ下りるだけで直結しており、新幹線の乗り継ぎ時間は最低でも15分〜20分の余裕を確保しておくのが現場の鉄則です。新幹線の到着遅延やエレベーターの混雑を考慮すると、ギリギリの乗り換えスケジュールは極めて危険を伴います。
一方、淡路島側の拠点である東浦バスターミナルでは、待合所や乗車券販売窓口、売店が整備されており、雨天時でも快適にバスを待つことが可能です。駐車場（パークアンドライド）も併設されているため、島内各地から自家用車で集まり、大磯号に乗り換えて神戸方面へ向かう通勤・通学スタイルが完全に定着しています。
