参謀本部は、政府の干渉を排除し得る「統帥権の独立」を盾に、独自の戦略を展開した。この組織構造は、短期的な軍事行動においては圧倒的なスピード感と集中力を発揮した。日露戦争における大山巌の冷静沈着な大局観や、現場への過度な干渉を避ける指揮スタイルは、その成功例の最たるものである。
一方で、石原莞爾に代表されるような独創的かつ過激な参謀思想は、時に中央の意向を無視した独断専行を引き起こした。統帥権の独立が「誰も責任を取らない構造」を作り出し、文民統制の破綻をもたらしたプロセスの追及は、政治史・軍事史における最大の焦点であり続けている。