次に読者を不安に陥れるのが、「生卵の殻に付着している食中毒菌」の存在です。特にサルモネラ・エンテリティディス（Salmonella Enteritidis）による食中毒は激しい下痢や高熱を引き起こすため、強い警戒心を持たれます。
日本養鶏協会および厚生労働省の衛生基準に基づくと、日本国内で流通する市販卵は、GPセンター（Grading and Packing Center＝鶏卵選別包装施設）と呼ばれる専用プラントで厳密な管理体制下に置かれています。集卵された卵は次亜塩素酸ナトリウム溶液や温水シャワーで徹底的に自動洗浄・殺菌され、外面の汚れや付着菌を可能な限りゼロに近づけた状態でパック詰めされます。
かつて昭和の時代に存在したような「糞便がそのまま付着した未殺菌の卵」がスーパーの棚に並ぶことは現代の正規流通ルートにおいてあり得ません。そのため、洗卵済みの殻をごく微量飲み込んだだけで感染発症に至る菌量（通常、健康成人で10万〜10億個前後の菌量が必要とされます）を取り込むリスクは、確率論から見ても無視できるほど小さいのが現実です。
さらに調理条件によってもリスクは激減します。サルモネラ属菌は熱に弱く、70℃で1分間以上、または75℃で1分間以上の加熱によって完全に死滅します。卵焼き、炒め物、ケーキやクッキーなどの焼き菓子に混入していた殻であれば、混入した殻の表面菌は加熱の段階で死滅しており、細菌学的リスクは消失しています。生卵を溶いていて入ってしまった場合でも、前述の胃酸による殺菌バリアが待ち構えているため、健常者が過度の心配に怯える科学的根拠はありません。
