針を使わずに肌を染める鍵は、植物そのものが持つ化学構造に存在します。ヘナの葉には「ローソン（Lawsone）」と呼ばれる赤橙色のナフトキノン系色素が含まれており、これが皮膚の最外層にある角質層のケラチンタンパク質と強力に結合します。
施術時は、細い絞り袋（コーン）からペーストを皮膚の上に塗布し、数時間放置して乾燥させます。この間に色素が角質へと浸透。ペーストを剥がした直後は薄いオレンジ色ですが、空気中の酸素と触れることで24〜48時間かけて濃い赤褐色へと変化します。
永久に残らない理由は、皮膚の構造にあります。通常の刺青（タトゥー）は針で皮膚の深部にある「真皮層」までインクを注入するため、生涯消えることはありません。対してヘナタトゥーが留まるのは、絶えず生まれ変わっている「表皮の角質層」のみです。細胞の生まれ変わり（ターンオーバー）によって古くなった角質が剥がれ落ちる際、染まった色素も一緒に自然と消え去ります。
