国の運輸安全委員会（JTSB）による詳細な調査報告書では、単に「パイロットの思い込み」や「管制官の言い回し」といった個人の過失を追及するだけでなく、事故を防ぐはずの二重三重の安全網（スイスチーズモデル）がなぜすり抜けてしまったのかが掘り下げられました。
当時、管制塔の画面上には滑走路に誤進入した航空機を検知して黄色や赤色の警告を表示する「滑走路占有監視支援機能」が作動していました。しかし、管制官は他の離発着機の監視や調整業務に忙殺されており、画面上のアラート表示を即座に視認することができませんでした。
また、海保機が震災対応という緊急性の高い任務に就いており、出発を急ぐ心理的プレッシャーが働いていた可能性も指摘されています。「言葉による指示の曖昧さ」「目視確認の限界」「システム警告の見落とし」という複数の要素が重なり合った結果、惨劇が引き起こされた実態が明らかになりました。
