公私ともに挑戦を続ける彼女を支えているのが、プライベートでの温かな家庭環境です。いとうまい子は2009年、44歳の時に5歳年下の一般男性と結婚しました。
お相手は大手通信・IT関連企業に勤務するシステムエンジニアで、知的なバックボーンを持つ人物です。二人の出会いは、散歩仲間としての「愛犬の散歩コミュニティ」でした。共通の愛犬家として自然な交流を深める中で意気投合し、交際へと発展したと語られています。
夫婦の間に子供はいませんが、愛犬たちを我が子のように可愛がりながら、お互いの仕事や研究を尊重し合う理想的なパートナーシップを築いています。45歳からの大学通学や博士課程での過酷な研究生活においても、夫は最大の理解者として家事や生活面を献身的にサポートし続けました。現在も休日には愛犬とともに散歩や旅行を楽しむなど、仲睦まじい夫婦関係が続いています。