体に良い栄養素が凝縮されているかぼちゃの種ですが、食べすぎには注意が必要です。種子類であるため脂質が多く、カロリーも決して低くはありません。100gあたり約570キロカロリーと、ナッツ類と同等のエネルギーがあります。健康のためとはいえ、バクバクと食べ進めてしまうとカロリーオーバーの原因になります。
一日の摂取目安量は、手のひらに軽く一杯(約10〜15g、およそ30〜40粒程度)がベストです。また、殻ごと食べる場合は消化に時間がかかるため、胃腸が弱い方はよく噛んで食べるか、殻を剥いて中の緑色の平たい仁(じん)だけを食べるようにすると安心です。