学校法人同志社および同志社国際中・高等学校では、生徒の心身の安全を最優先事項として掲げており、危機管理マニュアルの整備と定期的な見直しを実施しています。
万が一、校内外で重大な事故や事件が発生した場合には、保護者への迅速な一斉連絡システムの活用や、公式サイトを通じた適切な情報開示が行われる仕組みが確立されています。現在に至るまで同校から死亡事故等に関する発表が出されていないこと自体が、そうした事象が存在しないことの何よりの証明です。
さらに同校では、スクールカウンセラーの常駐やメンタルヘルスケアの拡充、施設設備の安全点検を定期的に実施しており、生徒が安心して学業や課外活動に打ち込める環境づくりに注力しています。