地下のニンニクを限界まで大きく太らせるために欠かせない前哨戦が、「ニンニクの芽（花茎）」の摘み取り作業です。春本番を迎えると、株の中心から花を咲かせるための花茎が勢いよく伸びてきます（とう立ち現象）。
植物の生理として、花茎が伸びると葉で生成された光合成養分が花や種子の形成へ最優先で送られてしまいます。花茎をそのまま放置すると、地下の球に送られるはずの栄養が奪われ、収穫時の球サイズが2〜3割も小さくなってしまいます。
摘み取りのベストタイミングは、花茎が立ち上がって先端の苞（つぼみ）がクルリと一巻きした頃です。時期としては収穫の約2〜3週間前（暖地系で4月下旬〜5月上旬、寒冷地系で5月中旬〜下旬）にあたります。
晴れた日の日中に、花茎の根元近くを持って横へ優しく折り曲げるか、清潔なハサミを用いて切り取ります。摘み取った花茎はいわゆる「ニンニクの芽」としてビタミンが豊富で、炒め物やナムルとして美味しくいただける初夏の味覚です。
