施設内での食事は、1Fフードコートの「アンパンマンのできたてステーション」や「うどんちゃんのやたい」が定番です。特に持ち帰り可能なスーベニアどんぶりが付いたうどんセットは、旅の記念としても不動の人気を誇ります。ただし、11:30を過ぎると座席確保の争奪戦が激化するため、館内で食べるなら11:00前の早めの昼食が鉄則です。
混雑を避けたい賢いファミリーが実践しているのが、隣接する大型商業施設「神戸ハーバーランド umie」や「モザイク（MOSAIC）」のレストラン・フードコートを活用する方法です。前述の通りミュージアムは再入場が可能なため、一旦外に出て広々としたumieの飲食店でゆったりと食事を済ませることができます。
なお、館内への飲食物の持ち込みに関しては、離乳食や子どものアレルギー対応食、水分補給用の水筒・ペットボトルは持ち込み可能となっています。一般の大人用お弁当やファストフードの持ち込み飲食は指定エリア外では制限されているため、マナーを守ってスマートに利用しましょう。
