国立弓削商船高等専門学校の偏差値はおよそ50〜53のレンジに位置しています。一般的な普通科公立高校と比較すると標準的な数値に見えますが、高専の入試問題は全国共通のマークシート方式を中心とした高専独自基準であり、出題内容の数学や理科は応用力・思考力が強く求められるため、見かけの偏差値以上の基礎学力が必要です。
入試日程は例年1月中旬に「推薦入試」、2月中旬に「学力検査による選抜」が実施されます。学科ごとの志願倍率は年度によって変動があるものの、おおむね1.0〜1.5倍前後で推移しており、手堅い倍率を維持しています。面接試験では「なぜあえて弓削島の高専を選んだのか」「将来どのような技術者・船員になりたいのか」という明確な志望動機が合否を大きく左右します。