外見が似ていることから非常によく比較されるオーストラリアンシェパードとボーダーコリーですが、歴史的ルーツと気質には明確な差異が存在します。
まず身体的特徴として、ボーダーコリーが俊敏な「アスリート体型(体重およそ14〜20kg)」であるのに対し、オーストラリアンシェパードは骨太で筋肉質ながっしりとした中型〜大型体型(体重およそ15〜29kg)です。また、生まれつき尾が短い「ナチュラル・ボブテイル」の個体が存在するのもオーストラリアンシェパードならではの特徴です。
作業スタイルと気質の違いも顕著です。ボーダーコリーは獲物を射抜くような強い視線(アイ)を使って家畜を静かに追いつめるスタイルをとり、常に仕事を探しているような「ハイパーアクティブ」な傾向があります。一方、オーストラリアンシェパードは直立した姿勢で威圧と声を使って家畜を動かすスタイルで、仕事が終われば家の中で落ち着いてくつろぐ「オンとオフの切り替え」がボーダーコリーよりも比較的上手であると評価されています。