1994年、ユネスコ世界遺産センターにより「古都京都の文化財（世界遺産プロジェクト」の構成資産として登録されて以来、鳳凰堂の保存と継承を巡る取り組みは国際的な注目を集め続けている。2010年代に行われた平成の大改修では、屋根瓦の葺き替えや丹土（につち）による朱色の塗り直しが行われ、創建当時の鮮烈な姿が蘇った。一時は「派手すぎるのではないか」という議論も巻き起こったが、それは平安貴族が目にした極楽浄土の原風景そのものであったことが科学的調査によって裏付けられている。
現在、宗教法人平等院を中心とする保存管理チームは、気候変動による風雨の激甚化や地震リスクからこの木造遺産を守るため、最新のデジタルセンシング技術と伝統的な修復技法を融合させたプロジェクトを推進している。千年の風雪を耐え抜いてきた木材の強度を非破壊で測定し、池の水質と湿度環境を厳密にモニタリングするその姿勢は、持続可能な文化遺産保護のグローバルスタンダードとして高く評価されている。
