物語の発端は、破産寸前だった建設会社社長パク・ムソンが自宅で刺殺された事件でした。ムソンは西部地検の幹部たちに長年にわたり金品や女性接待（いわゆるスポンサー接待）を提供していた人物。シモクがムソンの告発を受け取って自宅を訪れた直後、無残な遺体となって発見されたところから、底知れぬ疑惑の幕が上がります。
当初、現場から逃走したテレビ修理業者のカン・ジンソプが逮捕され、スピード結審で実刑判決が下されます。しかしジンソプは「自分は金品を盗んだだけで、家に入った時にはすでに死んでいた」と無実を訴え、獄中で自死。この不可解な展開を受け、シモクとヨジンは事件の裏に仕組まれた巨大な作為に気づき始めます。検察と警察の合同特命捜査チームが結成され、捜査が進むにつれて浮かび上がるのは、幹部たちの汚職、証拠の捏造、そして第2、第3の凶行でした。
ここで視聴者を最も震撼させたのが、秘密の森 犯人 ネタバレの中核をなす実行犯の正体です。直接パク・ムソンを殺害し、さらに女子高生キム・ガヨンを拉致・重傷を負わせた実行犯は、シモクの特命チームで忠実に実務をこなしていたユン・セウォン課長でした。ユン課長には数年前、欠陥整備が放置された大型バスの事故によって幼い愛息を奪われた凄惨な過去がありました。その事故の背後にはハンジョグループと行政の癒着があり、起訴すらされずに握りつぶされたという経緯があったのです。ユン課長は法では裁かれない悪人たちに自らの手で鉄槌を下す復讐者となっていました。
しかし、ユン課長は単独で動いていたわけではありません。この凶行の糸を引き、自らの地位と命を賭けて全体像を設計していた秘密の森 黒幕の真相――それこそが、シモクの上司であり検察の頂点に立ったイ・チャンジュンの正体でした。
チャンジュンは巨悪に手を染めた悪徳検事ではなく、あまりに巨大化しすぎたハンジョグループと国家腐敗のシステムを根底から解体するため、自らを「怪物の体内に入り込む毒」へと仕立て上げた孤高の怪物でした。義父イ・ユンボムの忠実な手先を装いながら、数年間にわたり財閥の脱税、不正蓄財、防衛産業における兵器輸入不正などの決定的な証拠（通称「イ・チャンジュンファイル」）を収集。そして、感情を持たず絶対に不正に屈しない検事ファン・シモクを自らの後継者として特命捜査に任命し、全ての不正の記録を託したのです。
『秘密の森 最終回 結末まとめ』において、チャンジュンは高層ビルの建設現場でシモクと対峙し、「お前ならやり遂げられる」という遺言に等しい言葉を残して飛び降り自殺を遂げます。悪人を法廷に引きずり出すため、自らもまた殺人幇助の罪を背負った犯罪者として命を絶つ道を選びました。この壮絶な秘密の森 伏線回収と考察の幕切れは、視聴者に「正義とは何か、法を守る組織の腐敗をいかに正すべきか」という重い問いを突きつけました。
