『君の名は。』に登場する神社は、単一の実在神社をそのままトレースした場所もあれば、複数の由緒ある古社や神話的景観を組み合わせて構築された場所もあります。
特に物語の二大拠点となるのが、東京・新宿区四谷と岐阜県飛騨地方です。東京側ではキービジュアルにも採用された赤い手すりの階段が実在の神社に存在し、岐阜側ではヒロイン・三葉の巫女としての生活や神楽の舞台となった社殿のディテールが散りばめられています。さらに、新海誠監督の故郷である長野県や伊豆諸島の孤島まで、緻密なロケハンに基づいた舞台設定が張り巡らされています。
