添加物問題の中で最も激しい論争を呼んできた物質が、小麦粉処理剤として知られる「臭素酸カリウム」です。過去に発がん性が指摘された歴史を持つことから、危険視する言説がネット上に数多く残されています。
この臭素酸カリウムの安全性について、同社は極めて厳格な管理体制を敷いています。厚生労働省の基準では「最終製品の完成前に分解または除去されなければならない」と定められており、山崎製パンでは0.5ppb（1ppbは10億分の1）という超微量まで測定可能な最新鋭の分析機器を導入し、完成したパンから検出されないことをロットごとに確認しています。
同社が出している山崎製パンの公式見解と安全基準によれば、臭素酸カリウムを使用することでパンのキメが細かくなり、食感や風味が大幅に向上すると説明されています。現在では使用対象を一部の角食パン（『超芳醇』など）に限定し、製パン技術の向上によって使用しない製品も増えていますが、安全性については国の基準を大幅に上回るレベルで担保されています。
