宝登山神社で拝受できる御朱印の体系は、麓に構える本宮（社務所）と、標高497メートルの山頂付近に鎮座する奥宮とで明確に分かれています。参拝前に押さえておくべき基本は、本宮で奥宮の御朱印を原則として常時扱っているわけではなく、それぞれの聖域に直接足を運んで拝受するのが本来の習わしであるという点です。
授与されている御朱印と御朱印帳の基本バリエーションは以下の通り多岐にわたります。
本宮の通常御朱印は、中央に力強い「宝登山神社」の墨書と朱印が押印される端正な佇まいが特徴です。これに加えて近年熱烈な人気を博しているのが、季節の移ろいを精緻なペーパーアートで表現した切り絵御朱印です。冬から早春にかけて山肌を黄色く染める蝋梅（ロウバイ）や春の桜、秋の紅葉など、2026年の授与品においても秩父の豊かな自然美が見事に落とし込まれており、初穂料は1,000円から1,200円前後で頒布されています。
社頭でひときわ目を引く宝登山神社の御朱印帳の種類においても、日本武尊（ヤマトタケルノミコト）を山火事から救った神犬伝承にちなむ「お犬様」をあしらった御朱印帳が定番の地位を確立しています。凛々しい白狼の横顔や神使の佇まいが織り込まれた西陣織風の上品な布貼り装丁は、手にした瞬間に確かな重みと神聖さを感じさせます。この他にも、宝登山の四季の草花をモチーフにした友禅柄など、複数のサイズと意匠が用意されています。
