フライング検査は偽陰性のリスクだけでなく、「化学流産（生化学的妊娠）」を検知してしまうことによる心理的負荷も引き起こす。化学流産とは、受精卵が一度は着床しかけたものの定着できず、生理のような出血とともに流れてしまう現象だ。医療的には流産回数にカウントされず、特別な処置も不要な自然現象だが、薄い陽性反応を見た後に生理が来ると、強い落胆を感じる女性は少なくない。
日本産科婦人科学会や厚生労働省が提示するガイドラインにおいても、市販の検査薬はあくまで自己判断の補助ツールであり、最終的な確定診断は医療機関での超音波検査等で行うべきだとされている。過度なフライング検査で一喜一憂を繰り返すことは、心身の大きなストレスになりかねない。
