現在本作をプレイする上で避けて通れないのが、Nintendo SwitchおよびSteam向けに展開されている『世界樹の迷宮I・II・III HD REMASTER』と、オリジナルであるニンテンドーDS版との差異です。大手攻略検証サイト「Privespa」や専門Wikiの解析データによると、グラフィックの高精細化にとどまらず、ゲームプレイの根幹に関わる致命的なバグや挙動が精緻に修正されています。
HDリマスター版において最も恩恵が大きいのは、オートマッピング機能の拡張と戦闘の超高速スキップです。探索の手間が大幅に緩和されたことで、試行錯誤のストレスが激減しました。ただし、最高難易度であるEXPERTを選択した場合、敵の思考ルーチンやダメージ計算式はオリジナル版のシビアさを忠実に受け継いでいるため、戦略の構築を怠れば即座に全滅する緊張感は一切損なわれていません。